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Der genetische Code

Entstehung und Entwicklung von Leben, Wahrscheinlichkeit für extraterrestrisches Leben
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ralfkannenberg
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Re: Was ist Leben und was nicht?

Beitrag von ralfkannenberg » 5. Jan 2021, 10:24

seeker hat geschrieben:
5. Jan 2021, 09:56
"Mögliche Wege zur spontanen Entstehung des Lebens aus unbelebter Materie"... "unter besonderer Berücksichtigung [nein, nicht der höheren Lehranstalten :), sondern:] der diesbezüglichen Möglichkeiten auf Exoplaneten"... :)
Ich glaube, das wäre einen Extrathread wert, Mas meint ihr?
Hallo zusammen,

zusätzlich zu Gedanken darüber, was auf Exoplaneten alles möglich wäre, wäre ich sehr an einem Exkurs über den genetischen Code interessiert, konkret über die Universalität des genetischen Codes und gewisse Varianten.

Würde eine unabhängig vom irdischen Leben entstandene Lebensform einen ähnlichen genetischen Code aufweisen oder sind da völlig verschiedene Varianten möglich ?


Freundliche Grüsse, Ralf

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Re: Was ist Leben und was nicht?

Beitrag von Diagnostiker » 5. Jan 2021, 10:35

@ Ralf Kannenberg
Universalität des genetischen Codes und gewisse Varianten
Da gibt es inzwischen eine Liste mit insgesamt 33 Varianten. Dann gibt es noch eine Liste mit alternativen Codon-Belegungen. So ganz universell ist der genetische Code offenbar doch nicht ...

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Der genetische Code

Beitrag von seeker » 5. Jan 2021, 11:11

Hier einen Extrathread dafür!
Grüße
seeker


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Re: Der genetische Code

Beitrag von seeker » 5. Jan 2021, 11:24

Soweit ich weiß gibt es da durchaus ganz grundlegende Alternativen:

- Die DNA kann rechts herum aufgewickelt sein, als auch links herum (sterische Isomerie).
- Der genetische Code muss nicht aus 4 Basenpaaren aufgebaut sein, es könnten prinzipiell auch 2, 6, 8, ... sein
- Es müssen prinzipiell nicht genau die Basen verwendet werden, die bei uns Verwendung finden, es gibt dazu Alternativen
- Replikatormoleküle könnten evtl. auch noch ganz anders aufgebaut sein als bei uns

D.h.: Es sind durchaus ganz verschiedene Varianten denkbar. Und es ist anzunehmen, dass außerirdisches Leben als solches eindeutig identifiziert werden könnte, als schon auf molekularer Basis grundsätzlich verschieden zu dem unsrigen. Das würde auch konkrete Fälle betreffen, wie z.B., wenn man auf dem Mars Leben finden würde: Wahrscheinlich könnte man eindeutig feststellen, ob beide Arten von Leben einen gemeinsamen Ursprung haben (Transspermie: hier z.B. "Infizierung" der Erde durch den Mars oder umgekehrt) oder nicht (unabhängige Entstehung).
Daraus wiederum wären Rückschlüsse auf die Wahrscheinlichkeit der spontanen Entstehung von Leben möglich.
Grüße
seeker


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Re: Was ist Leben und was nicht?

Beitrag von ralfkannenberg » 5. Jan 2021, 11:59

Diagnostiker hat geschrieben:
5. Jan 2021, 10:35
Da gibt es inzwischen eine Liste mit insgesamt 33 Varianten. Dann gibt es noch eine Liste mit alternativen Codon-Belegungen. So ganz universell ist der genetische Code offenbar doch nicht ...
Hallo Diagnostiker,

dass es Varianten gibt wusste ich, doch dass es so viele sind war mir bislang nicht bekannt.

Danke schön für den Link ! :)


Freundliche Grüsse, Ralf

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Re: Der genetische Code

Beitrag von Diagnostiker » 5. Jan 2021, 13:05

@ seeker
Es sind durchaus ganz verschiedene Varianten denkbar.
Im Bereich der Synthetischen Biologie wird auch mit Alternativen zur natürlichen DNA gearbeitet. Konkret sind das andere Basen, andere Komponenten als Desoxyribose (bzw. Ribose bei RNA) und Phosphat für den Strang sowie Erweiterungen der Codon-Zahl, um mehr als nur 20 Aminosäuren zu codieren.

Grundsätzlich legt der genetische Code fest, über welche Basentripletts welche Aminosäure repräsentiert wird. Zunächst müssen es nicht Basentripletts sein, sondern es könnten auch Basendupletts sein oder Basenquadrupletts, also jeweils immer nur 2 Basen oder 4 Basen, statt 3. Abhängig ist das von der Struktur der Moleküle, die bei der Codierung beteiligt sind. In der natürlichen Variante sind das die entsprechenden tRNAs sowie die zugehörigen aaRS, die sich so an die tRNAs anlagern, dass sie zur Anticodonschleife der tRNA passen wie auch zu der Aminosäure, die dann verknüpft werden soll.

Bild

Wäre die tRNA anders geformt, könnte die Anticodonschleife größer sein, so dass entweder 4 Basen komplett den Ausschlag geben, welche aaRS welche Aminosäure verknüpft (das wäre dann ein vierbasiger Code), oder die zwei mittleren Basen geben den Ausschlag, werden aber links und rechts von einer weiteren Base flankiert, die für die Codierung bedeutungslos sind. Dann hätten wir einen zweibasigen Code mit zwei "Kommas".

Der vierbasige Code ohne "Komma" hätte 4 mal 4 mal 4 mal 4 Quadrupletts, die mit Aminosäuren zu belegen wären, also insgesamt 256 Positionen. Das erscheint recht viel. Selbst wenn man annimmt, dass jede Aminosäure vierfach redundant im Code vertreten ist, wären es immer noch 64 Aminosäuren, die spezifisch zu erkennen und zu verknüpfen wären. Rechnen wir noch die Stoppstellen ab, bleiben noch 62 oder 63 verschiedene Aminosäuren, aus denen sich dann Proteine zusammensetzen würden. Der Aufwand scheint mir recht hoch zu sein, zumal sich viele Aminosäuren in ihren Seitenketten und damit in ihren chemischen Eigenschaften ähneln dürften.

Ein zweibasiger Code hätte nur 4 mal 4 Dupletts, also lediglich 16 Positionen, die besetzt werden könnten. Das erscheint ziemlich wenig, da wir noch Stoppstellen abziehen müssen und zudem keine Redundanz gegeben wäre, die für die Störanfälligkeit wichtig wäre. Es gingen also maximal 15 Aminosäuren zu codieren, aber aus Redundanzgründen wären maximal 10 Aminosäuren codiert, um Proteine mit einer gewissen Störtoleranz zu produzieren, was dann doch recht wenig zu sein scheint.

Ich vermute daher, dass die Variante mit vier Basen und einem Triplett-Code ein Optimum darstellt, um den Grat zwischen Stabilität und Variabilität so hinzukriegen, dass eine langwährende Evolution möglich wird.

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Re: Der genetische Code

Beitrag von seeker » 5. Jan 2021, 16:49

Ja, so etwas hatte ich noch ungefähr aber nicht so genau im Hinterkopf, dass das zumindest bei dem Leben, das wir kennen, ein Optimum zu sein scheint, mit dem Basentriplett den genau 4 Basen, wo man dann eventuell elolutionär argumentieren kann.
Welche Basen und welche Aminosäuren, ist eine dazu gesonderte Frage.
Diagnostiker hat geschrieben:
5. Jan 2021, 13:05
Ich vermute daher, dass die Variante mit vier Basen und einem Triplett-Code ein Optimum darstellt, um den Grat zwischen Stabilität und Variabilität so hinzukriegen, dass eine langwährende Evolution möglich wird.
Ja, ich denke auch, als Vermutung bzw. Arbeitshypothese macht das Sinn.
Die Evolution ist ja nicht verschwenderisch, sie bildet normalerweise nicht viel mehr heraus, als das, was gerade noch ausreichend für den Zweck ist. Danke für die Ausführung. Wobei: Bei anderen Mechanismen der Proteinsynthese, die wären ja auch prinzipiell denkbar? Und dann kann man sich nicht mehr ganz sicher sein - oder?

Was mir gerade noch in den Kopf kam und was ich einen interessanten Eckpfeiler finde, ist das Minimalgenom, das uns bekannte Lebewesen mindestens brauchen, um lebensfähig sein zu können:

Genomgröße
https://de.wikipedia.org/wiki/Genomgr%C3%B6%C3%9Fe

Das kleinste Genom der Welt
https://www.spektrum.de/magazin/das-kle ... elt/871393
(der Artikel ist ausnahmsweise kostenlos als PDF herunterladbar)

Irgendwann wird es eng oder es geht nur noch über Symbiosen, aber irgendwo in der Gegend von 180 Genen/160.000 Basenpaaren scheint das zu liegen, was sehr wenig scheint, wenn man bedenkt, dass z.B. der Mensch ca. 20.000 Gene und etwa 3,3 Mrd Basenpaare besitzt und es auch Lebewesen wie den Axolotl mit seinen 32 Milliarden Basenpaaren und einer noch unbekannten aber sehr großen Anzahl an Genen gibt.
Grüße
seeker


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Re: Der genetische Code

Beitrag von Skeltek » 5. Jan 2021, 17:06

Ich würde als Vermutung äußern, daß Selektionsdruck und Verfügbarkeit der Rohmaterialien eine größere Rolle spielen könnten. Jedenfalls kommt mir in den Sinn, daß wohl die Kodierung später dann die 'Biegung' der Primärstrukturen und Sekundärstrukturen vorgibt als auch die Geschwindigkeit, in welchem diese jeweils bei der Faltung des Proteins zur Tertiärstruktur später knicken. Je nachdem wo sich das Protein schneller biegt und welche der potentiellen Wasserstoffbrücken (oder ähnliches) dadurch als erste 'greifen' und ein lokales Potentialtief erwischen, kriegt das Protein möglicherweise eine andere (möglicherweise vorübergehende) Tertiärstruktur (könnte dabei die Viskosität der umgebenden Flüssigkeit oder ähnliches eine Rolle spielen?). Die 'Faltung' der Proteine findet teilweise erst nach der Synthese der zunächst linearen Sekundärstruktur statt, weshalb ich vermutet hätte, daß die Geschwindigkeit des Biegens an unterschiedlichen Stellen für das Resultat durchaus eine Rolle spielen könnte.

Um meiner langen & zähen Ausführung eine Ende zu bereiten: Ich denke Sequenzen sind durchaus austauschbar, solange die durch sie bewirkte Biegung der Sekundärstruktur im Mittel eine funktional äquivalente Tertiärstruktur zum Vorschein bringt. Entsprechend ist es wohl auch nicht unbedingt nötig, sich am gesammten potentiellen Spektrum an Kombinationen zu bedienen. Möglicherweise ist es sogar kontraproduktiv eine zu große Auswahl im 'Alphabet' zu haben, weil ich mir bei einem zu großen Alphabet potentielle Fehlerkorrektur-Mechanismen recht erschwert vorstelle. Soweit ich mich erinnern kann, orientiert sich ein Teil der Fehlerkorrekturen darüber, daß die Sequenzen 'in der Summe' stimmen; Mehrdeutigkeit ist da sicherlich nicht unbedingt hilfreich?

Ich muss mich um ganz ehrlich zu sein nochmal intensiv in das Thema einlesen, bevor ich halbwegs qualifiziertes dazu äußern könnte. Aber ich wollte es mal hinschreiben, bevor ich das alles wieder vergesse :)
Kann man grundsätzlich sagen, daß die Kodierung in erster Linie für die Krümmung der Sekundärstruktur wichtig ist und in zweiter Linie für den 'Elektronegativitäts-Landscape'(mir fällt das richtige Wort gerade nicht ein) der Tertiärstruktur? Eine sonstige Relevanz der Kodierung für die Funktionalität kann ich gerade auf Anhieb nicht erkennen.
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Re: Der genetische Code

Beitrag von Diagnostiker » 6. Jan 2021, 10:40

@ seeker
Bei anderen Mechanismen der Proteinsynthese, die wären ja auch prinzipiell denkbar?
Wenn man Proteine nicht notwendig aus Peptiden und damit aus Aminosäuren bestehen lassen kann, dann könnten natürlich auch alternative Mechanismen für das Verketten der Grundbausteine möglich sein, was dann natürlich auch Auswirkungen auf die Art und Weise sowie des Umfangs der Zuordnungsmöglichkeiten des genetischen Materials hätte, welches seinerseits aus anderen Grundbausteinen bestehen könnte als aus Nucleotiden, wie es bei RNA und DNA der Fall ist. Hier würden wir uns aber in Bereiche verlieren, wo man nicht mehr faktenbasiert spekulieren kann.
Und dann kann man sich nicht mehr ganz sicher sein - oder?
Genau, dann hat man vor allen Dingen keine Basis mehr, um wenigstens Wahrscheinlichkeiten einzugrenzen, denn die organische Chemie ist so vielgestaltig, dass man sich eine Menge an Grundbausteinen zurechtlegen kann, um so etwas wie eine Proteinsynthese zu modellieren. Aus diesem Grund sind Simulationsexperimente hier relevant, um herauszubekommen, was aus einigen wenigen Grundstoffen bevorzugt an organischen Stoffen entsteht und sich anreichern könnte. Und da schneiden Aminosäuren gar nicht so schlecht ab, um sich als Ausgangsmaterial für Proteine anzubieten.
das Minimalgenom, das uns bekannte Lebewesen mindestens brauchen, um lebensfähig sein zu können
Bei Bakterien ist das Genom sehr einfach strukturiert - im Wesentlichen sind hier die Gene linear angeordnet, ohne dass es viele Lücken dazwischen gibt. Außerdem muss hier das Genom nicht entpackt werden wie bei Mehrzellern, wo die DNA als Chromosom mehrfach eingerollt und gefaltet vorliegt (was aber wieder andere Vorteile mit sich bringt, siehe unten!). Für den relativ einfachen Organismus einer Bakterienzelle reicht das aus, da hier die Wege nicht so lang und der Aufwand für die Aufrechterhaltung der Komplexität nicht so hoch ist.

Bei Mehrzellern sieht das schon ganz anders aus. Hier haben wir sowohl lange Wege (die einzelnen Zellen sind zwischen zehn und hundert mal größer als eine Bakterienzelle, was ein tausendfach bis millionenfach größeres Volumen ergibt!) wie auch eine komplexere Struktur, die zu erhalten ist, so dass das Genom zum einen vom Umfang her größer sein muss, aber von der Einbindung in die Zellprozesse her anders organisiert sein muss. Wir haben hier also (vermittelt über die Chromosomenstrukturen) Vernetzungen, die funktional aufeinander bezogene Gene räumlich verdichten, so dass die sich in einem Genkomplex befindenden Gene auf verschiedene Weise miteinander kombiniert werden können: Ein Gen kann also in vielfältige Funktionen eingebunden sein, während eine bestimmte Funktion über mehrere Gene bewirkt wird. Diese Erscheinungsformen kennen wir als Pleiotropie und als Polygenie.

Das hat zur Folge, dass bei Mehrzellern gar nicht mal so viele Gene vorhanden sein müssen, weil über die Vernetzung der Gene verschiedene Kombinationen durchgespielt werden können, die dann hinreichend sind, um einen komplexen Organismus, wie z.B. einen Menschen, der gerade mal 22.333 Gene besitzt (eine Zahl, die man sich gut merken kann! - allerdings ist auch die nur eine Schätzung), mit seinen komplexen Funktionen und Fähigkeiten aufrechtzuerhalten. Beim Axolotl (und bei manchen Fischen und Lurchen generell) ist diese Vernetzung nicht so weit entwickelt wie bei Vögeln und Säugetieren, darum haben wir dort riesige Genome und sehr hohe Anzahlen von Chromosomen.

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Re: Der genetische Code

Beitrag von Diagnostiker » 6. Jan 2021, 11:02

@ Skeltek
Ich würde als Vermutung äußern, daß Selektionsdruck und Verfügbarkeit der Rohmaterialien eine größere Rolle spielen könnten.
Na ja, der genetische Code ist ja nun mal ziemlich starr festgelegt, ebenso die Basensequenzen, die als DNA die grobe Vorlage vorgeben, auf deren Grundlage dann die Proteinsynthese erfolgt. Was sich dazwischen an "Interpretationsmöglichkeiten" ergibt, also das Zusammenspiel von RNA und Proteinen, ist ja nicht mehr im genetischen Code festgelegt, sondern ergibt sich aus den konkreten Verhältnissen im Umfeld des Genoms.

Das "Rohmaterial" in Gestalt von mit Aminosäuren beladenen tRNAs ist ja stets präsent, so dass es da keine Möglichkeiten mehr gibt, kurzfristig die Belegung zu ändern, die über den genetischen Code vorgegeben ist. Sobald eine tRNA mit einer Aminosäure beladen ist, wird diese Aminosäure auch am Ribosom in die wachsende Peptidkette eingebaut. Das Anticodon muss nur zum mRNA-Codon passen, was aber über das Komplementärprinzip gegeben ist.
Die 'Faltung' der Proteine findet teilweise erst nach der Synthese der zunächst linearen Sekundärstruktur statt, weshalb ich vermutet hätte, daß die Geschwindigkeit des Biegens an unterschiedlichen Stellen für das Resultat durchaus eine Rolle spielen könnte.
Das ja, dazu hatte ich ja schon auf die Faltungshelfer hingewiesen. Hier ergibt sich dann über alternative Faltungsmöglichkeiten ein variierender Proteinbestand aus einer einzigen Peptidsequenz. Und das hat natürlich dann auch einen selektierenden Effekt, der auf die Bereitstellung passender Faltungshelfer rückkoppelt.
Ich denke Sequenzen sind durchaus austauschbar, solange die durch sie bewirkte Biegung der Sekundärstruktur im Mittel eine funktional äquivalente Tertiärstruktur zum Vorschein bringt.
Innerhalb einer bestimmten Spannbreite ergeben sich bestimmte Faltungsmuster über eine Vielzahl von Peptidketten. Anderenfalls würden Mutationen fatal sein, denn die Peptidsequenzen von Proteinen aus verschiedenen Arten unterscheiden sich ja auch je länger um so deutlicher von den einstigen Stammformen, aus denen sie sich über Mutationen auseinanderentwickelt haben.
Möglicherweise ist es sogar kontraproduktiv eine zu große Auswahl im 'Alphabet' zu haben, weil ich mir bei einem zu großen Alphabet potentielle Fehlerkorrektur-Mechanismen recht erschwert vorstelle.
Wenn die Redundanz im Code für eine Aminosäure zu groß ist, gibt es zu viele "stumme" Mutationen, also Mutationen, die keinen selektierenden Effekt nach sich ziehen, wenn es mal darauf ankommt, um ein Aussterben zu verhindern. Darum ist es aus evolutionärer Sicht praktikabel, die Zahl der Aminosäuren nicht zu groß werden zu lassen und die Zahl der möglichen Belegungen ebenfalls nicht, aber eben auch nicht zu klein, damit die Mutationen nicht zu schnell fatal werden für die Nachkommen.
Kann man grundsätzlich sagen, daß die Kodierung in erster Linie für die Krümmung der Sekundärstruktur wichtig ist und in zweiter Linie für den 'Elektronegativitäts-Landscape'(mir fällt das richtige Wort gerade nicht ein) der Tertiärstruktur?
Ich würde da nicht trennen wollen, da beides unmittelbar miteinander zusammenhängt. Die Elektronegativität der Seitengruppen der Aminosäuren hat eine unmittelbare Auswirkung auf das Faltungsverhalten zur Erreichung der Tertiärstruktur.

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