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Spiel des Lebens

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Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 2. Dez 2017, 22:33

Hallo,

mir fiel kein besserer Thread-Titel ein. Es soll aber darum gehen, anhand von definierten Abkürzungen biochemische Texte u.ä. in möglichst mathematische Formeln oder Beziehungen/Relationen und oder dergleichen unterzukriegen.

So, dass man möglicherweise Muster erkennt oder einfach nur etwas besser nachvollziehen könnte, mithilfe dieses Ansatzes, was Texte nicht so unmittelbar hergeben. Vielleicht aber auch nicht. Vielleicht aber auch doch.

Spiel des Lebens deshalb, weil ebenso dem gleichnamigen Gesellschaftsspiel - allerdings ohne jeglichen weiteren Bezug - Spielregeln definiert werden, vor allem ein grundlegendes Set an Definitionen, Benennungen vorab, gefolgt von Gegenüberstellungen unumstrittener Aussagen erst einmal, also zusätzlicher Definitionen.


Dazu sind schon einige Posts gepurzelt in dem Thread viewtopic.php?f=81&t=1354
in den letzten Tagen, letzter Woche.

Womit ich ganz besonders natürlich ATGC dazu hier einladen möchte, als sozusagen mein Guru, Online-Lehrer schlechthin in Sachen biologischer Chemie, für meine Begriffe
und sehr gerne auch Ralf, als Mathematiker, mein quasi Tutor, Online-Lehrer sozusagen in einiger Mathematik bisher, sehr sehr viel verdankend, dankend.
Ebenso auch gerne Tom natürlich mit seiner von mir hochgeschätzten Meinung, dankend für viele Lektionen, auch wenn ich da manchmal passen muss, als Laie nunmal.
Und nicht zuletzt auch Struktron für seine Ideen, wenn auch kontrovers oft.
Nämlich Dip (Herr Senf) wäre mir auch lieb, Durchblick total...
Seeker für sein Interesse...
positronium als Laie wie ich, glaube ich.
Sowie jeder sonst natürlich ebenso, oben genannte nur mir persönlich bekannt und wichtig.

Insbesondere befürchte ich, dass ich ohne Ralf nicht weit komme nach aller Hilfestellung von ATGC.
Eine der Hauptlektionen Ralfs waren die Voraussetzungen - deshalb hier noch Schwerpunkt.

Vielleicht geht mir die Fantasie durch, aber möglicherweise lassen sich Gruppen, evtl. Ringe und wohl kaum Körper finden.
Nix Kommutativgesetz, sonst kommt eine Hand statt einem Fuß raus, scherz.

Stay tuned.

Gruß,
Dgoe


edit: Ach ja: es soll auch nur um das Zustandekommen der Translation gehen dabei, nicht um alles was danach an Leben so ging.
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 3. Dez 2017, 00:21

Hier das wichtigste Set (vorab noch ohne Abkürzung):

- Aminosäure(n) [davon 20 Stück]
- Base(n)
- Enzym(e)
- Protein(e)
- Strukturprotein(e)
- RNA
- mRNA
- tRNA
- rRNA
- aaRS
- Nucleinsäure(n)
- Polypeptid(e)
und
- Sequenz(en) [als was anderes, aber ganz oben auch]


nach @ATGC so herausgehoben, reichen würdend erst mal. Da gäbe es aber auch noch:

- Codon, Triplets
- Gen
- Genom
- Helix
- Doppelhelix
- Molekül
- Makromolekül
- Ribosom
- H2O
- - Ion (+/-)
und N,O,C,H,S,P aus der Periodentabelle.

im weiteren Verlauf gebe ich denen eindeutige Bezeichnungen, Buchstaben, um es zu Kürzen. Gute Idee, oder nicht?
Dann kommt mehr.
Aber gut, der Nachvollziehbarkeit wegen schreibe ich noch alles erst hier auf erst.

morgen.
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 3. Dez 2017, 01:14

Wie da wären

Nucleinsäure(n)
- RNA
-- mRNA
-- tRNA
-- rRNA

Polypeptid(e)
- Protein(e)
-- Strukturprotein(e)
-- Enzym(e)
--- aaRS [unter Enzym(e)]

--> die Bindestriche eine Unterkategorie darstellend. Weiterhin allgemein:

Aminosäure(n)-Sequenz(en)=Polypeptid(e)
Base(n)-Sequenz(en)=Nukleinsäure(n)

Und etwas außer der Reihe, eine Querverbindung:
mRNA, seines Zeichens Nucleinsäuren weist eine Relation zur Sequenz eines Polypeptids auf! (ohne Querverbindung ja auch Unverbunden alles, sag ich mal)

das war's erst mal. das war das Wichtigste.

Gruß,
Dgoe
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 3. Dez 2017, 11:07

Ja ok, sehr gerne, danke :)
Bitte melden, wenn etwas irgendwie fehlerhaft ist.
Sitze an weiterem Beitrag schon, dauert alles etwas.

Gruß,
Dgoe
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 7. Dez 2017, 23:01

Ich wollte hier heute weitermachen und bin dabei auf die traurige Nachricht gestoßen.
Auch an dieser Stelle mein aufrichtiges Beileid an alle Familienangehörige, Freunde und alle Forumsmitglieder allgemein.
Dgoe

Edit: Schäme mich für den unpassenden Thread-Titel auch, tut mir Leid, dass der da steht.
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von seeker » 8. Dez 2017, 01:58

Du kannst den Thread-Titel als Thread-Ersteller auch jetzt noch ändern Dgoe, dazu einfach deinen ersten Beitrag entsprechend editieren.
Oder sag mir, wie er heißen soll, dann mach ich das schnell für dich.
Grüße
seeker


Wissenschaft ... ist die Methode, kühne Hypothesen aufstellen und sie der schärfsten Kritik auszusetzen, um herauszufinden, wo wir uns geirrt haben.
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 8. Dez 2017, 19:19

Danke zusammen,

für die Antworten. Ich wusste gar nicht, dass dies geht, aber klar, wenn ellenlang zurück alles editierbar bleibt, dann auch der Titel sicherlich. Belassen wir es dabei und ich komme wohl am WE zum Inhaltlichen zurück, wozu ich gesammelt habe schon... Im Sinne des Weiterführens.

Andererseits geht einfach so weitermachen ja auch nicht, zumindest nicht unmittelbar, für meine Begriffe.

Gruß,
Dgoe
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Frank » 8. Dez 2017, 21:44

Dgoe hat geschrieben:
8. Dez 2017, 19:19


Andererseits geht einfach so weitermachen ja auch nicht, zumindest nicht unmittelbar, für meine Begriffe.
Doch, genau das hätte Werner gewollt. Ich habe viele PN mit ihm getauscht.
Mit freundlichen Grüßen

Frank

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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von tomS » 8. Dez 2017, 22:43

Dgoe hat geschrieben:
8. Dez 2017, 19:19
Andererseits geht einfach so weitermachen ja auch nicht ...
Es geht schon.

Du kannst auf der einen Seite trauern, und auf der anderen Seite das weiter tun, was Werner gerne getan hat. Und du hilfst niemandem, weder Werner noch dir, wenn du's nicht tust.

Man sollte es evtl. nur mit etwas mehr Bedacht und Achtsamkeit tun.
Gruß
Tom

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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von tomS » 8. Dez 2017, 22:44

ATGC hat geschrieben:
8. Dez 2017, 13:44
Das sollte uns aber nicht davon abhalten, hier etwas Substanzielles zum Gelingen und zum Erhalt des Forums beizutragen, das ja gewissermaßen Werners Vermächtnis darstellt und schon deshalb wert ist, weitergepflegt zu werden. :)
Sehr schön gesagt. Danke!
Gruß
Tom

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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 10. Dez 2017, 23:45

Ja, bin am Start, eigentlich schon vor einer Woche, Sonntag abend genau, nur wenig Zeit alles zusammenzutragen zu einem Beitrag gehabt, dazwischen die Hiobsbotschaft...

Okay, es gibt ja schon:

https://iupac.org/who-we-are/
to unite a fragmented, global chemistry community for the advancement of the chemical sciences via collaboration and the free exchange of scientific information. 
underlined by me.

Und
https://en.m.wikipedia.org/wiki/Interna ... _Chemistry
Some important work IUPAC has done in these fields includes standardizing nucleotide base sequence code names;
Und dann das:
4.489,00 € / $5,999.00 / £3,369.00*
https://www.degruyter.com/view/db/iupac?rskey=NRUtkm

Na toll, findet sich bei Wikipedia auch for echt free, für das Jahr 1983, und keine Sekunde weiter:
https://de.m.wikipedia.org/wiki/Nuklein ... omenklatur,
nämlich daher:
http://www.sbcs.qmul.ac.uk/iubmb/misc/naseq.html

So, soviel dazu. Was trotzdem Banane bleibt bis heute wahrscheinlich, da beispielsweise C gleichzeitig Carbon/Kohlenstoff und Cytosin darstellt - vollkommen verwirrend (sicher auch für für Software, die Wrapper anlegen müssen, etc.)

Von daher schreibe ich die einfach mit Kleinbuchstaben, egal, einfach tun. Wie das aussieht in Kompletten kommt noch, Schritt 1 noch, die Voraussetzungen. Die Liste steht schon, kommt als Beitrag bald.

Until then,
Dgoe
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 11. Dez 2017, 00:04

Achso, die Aminosäuren einfach durchnummeriert im Index, oder voll ausgeschrieben, oder auf einige Buchstaben abgekürzt, aber jedenfalls nicht schon wieder einzelne Großbuchstaben, wie vorgeschlagen. Aber ok, jeder wie er meint, ich meine eindeutiger!

Gruß,
Dgoe
Zuletzt geändert von Dgoe am 12. Dez 2017, 15:20, insgesamt 1-mal geändert.
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 12. Dez 2017, 15:49

Hallo ATGC,

ja, getreu nach dem Motto: In weiser Voraussicht, nur happert es an beidem bei mir. Bastle lieber so intern erst, als etliche Male die Liste zu ändern später (die des anderen Threads passe ich schon immer wieder an). Ausserdem bin ich ja auch berufstätig. Ich weiß auch oft nicht, wozu das überhaupt führt, warum ich mich im Einzelnen mal eher so oder so entscheiden sollte. Dann lese ich wieder lange...

Insight: Zuletzt bei den Nukleotiden gingen mir die Buchstaben aus, für die "Einzelteile". Im Grunde fehlte mir aber nur Zucker, alles andere war iwie schon kombinierbar. Dafür habe ich den Einzelbuchstaben für Sequenz freigemacht, was man ja mit Klammern ausdrücken kann und so...
Edit: Aber dann kann man wiederum nicht bestimmte Sequenzen mit Indexen abkürzen, hmm.

Nur Geduld. :-)

Gruß,
Dgoe
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Re: Spiel des Lebens

Beitrag von Dgoe » 12. Dez 2017, 19:55

Mein Enthusiasmus für die Idee (zu Kürzen letztendlich, um möglicherweise Muster besser erkennen zu können, aus daraus gebildeten Formeln, wenn auch auf Kosten einer Übersetzung) macht auch immer mehr Ernüchterung Platz, je länger ich mich damit beschäftige, ehrlich gesagt. Gleichzeitig dazulernend immerhin. Ich hätte aber schon gerne, dass auch andere etwas davon haben und ich selber auch noch.

Die Einzelbuchstaben sollen halt hauptsächlich dem Fokus, dem Schwerpunkt (siehe oben) gewidmet sein. Aus m,r,tRNA habe ich M, R, T gemacht mittlerweile, während RNA auf L gerutscht ist. aaRS steht auf Q, wie Querverbindung zufälligerweise.

Natürlich sollen die Belegungen mit nahegelegenen Dingen nicht kollidieren, wie NOCHSP aus dem Periodensystem, usw., damit sich manches auch detaillierter beschreiben ließe, immer noch eindeutig. Damit stoßt man nur schnell an Grenzen und auf Kompromisse.

Außerdem ist es vielleicht auch vermessen, anderen eine Privatnotation aufzuerlegen, um etwas auszudrücken. Deshalb steht im Titel auch Spiel, was ja Spielregeln hat. Immerhin bemühe ich mich, möglichst viele klassische Notationen, also Abkürzungen, zu wahren. Ist also letztlich nur ein Teil des Alphabets im Grunde nur, der abweicht.

Dazu kommen unausweichlich noch Kleinbuchstaben, aber immerhin exakt so, wie sie im Klassischen mit Großbuchstaben verwendet wurden/werden. Wieder ist C schuld, da schon fundamental vergeben.

Es soll auch sonst nicht irgendwie privatnotationstechnisch sein, das Wort ist viel zu groß. Im Gegenteil, mathematisch klassisch möglichst etc. Es ist eher eine kleine Reihe an Privatabkürzungen zum Thema letztenendes, höchstens. Deshalb sitze ich auch noch dran, an einem guten Vorschlag, wie an einer Präsentation, die auch gerne Kritik erwartet dann von Euch, aber auch fertig werden soll, damit man damit etwas machen kann, was auch immer (Ideen hab ich schon).

Ja, ich muss noch etwas ausdrucken zur Übersicht und dann stelle ich etwas ein, bin noch nicht entmutigt, immer wieder zuversichtlich auch ebenso.

Gruß,
Dgoe
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Abiogenesis dgTokens

Beitrag von Dgoe » 13. Dez 2017, 02:35

dgTokens, nenne ich das mal. (Version 0.3b)

N = Nitrogen, Stickstoff [klassisch}
O = Oxygen, Sauerstoff [klassisch}
C = Carbon, Kohlenstoff [klassisch}
H = Hydrogen, Wasserstoff [klassisch}
S = Sulfur, Schwefel [klassisch}
P = Phosphor [klassisch}

[andere Buchstaben der Periodentabelle hier nicht relevant, ungültig hier]

U = Nucleinsäure(n)
L = RNA, RNS
M = mRNA
R = rRNA
T = tRNA

Y = Polypeptid(e)
K = Protein(e)
X = Strukturprotein(e)
E = Enzym(e)
Q = aaRS

A = Aminosäure(n)
B = Base(n)


a = (A = Adenin [klassisch])
t = (T = Thymin [klassisch])
g = (G = Guanin [klassisch])
c = (C = Cytosin [klassisch])
u = (U = Uracil [klassisch])
w = (W = A oder T = Weak interaction (2 H bonds), schwache Wasserstoffbrückenbindungen [klassisch])
s = (S = G oder C = Strong interaction (3 H bonds), starke Wasserstoffbrückenbindungen [klassisch])
r = (R = A oder G, Purine (puRine), [klassisch])
y = (Y = C oder T, Pyramidine (pYramidine) [klassisch])
m = (M = A oder C, Aminogruppe (aMino) [klassisch])
k = (K = G oder T, Ketoruppe (Keto) [klassisch])
b = (B = G oder T oder C - nicht A, (B folgt im Alphabet auf A) [klassisch])
v = (V = A oder G oder C - nicht T, (nicht U), (V folgt im Alphabet auf U) [klassisch])
h = (V = A oder T oder C - nicht G, (H folgt im Alphabet auf G) [klassisch])
d = (D = A oder T oder G - nicht C, (D folgt im Alphabet auf C) [klassisch])
- = nix (N = A oder T oder G oder C (aNy) [klassisch]) - Der Binderstrich ist jedoch übersichtlichter, wenn es nicht genauer ist, als Nullaussage. Auch klassischerweise schon von vielen so bevorzugt der Binderstrich, da im Textfluss einfacher zu erkennen.


Was die Aminosäuren betrifft, A1 bis A20, oder im Index das dreibuchstabige Akronym. Aber was die 3 übrigen Fälle B,Z,X betrifft, nur so:
A4/5=AAsn/Asp = (Asx = B [klassisch])
A6/7=AGln/Gnu = (Glx = Z [klassisch])
A-=Aunknown = (Xaa = X [klassisch])
Während Indexe über 20 den Künstlichen vorbehalten sein sollen, noch ohne Reihenfolge.



Nukleotid = nt (klassisch)
Nukleosid = ns
NukleosidMONOphosphat = ns1
NukleosidDIphosphat = ns2
NukleosidTRIphosphat = ns3
z = Pentose
z1 = H- (Desoxyribose, ohne O=Oxy.)
z2 = OH- (Ribose)



Z = SequenZ





Ansonsten möglicherweise praktisch, daher reserviert:
D = DNA, DNS
F = Codon
G = Gen
I = Ion (-)
J = Ion (+)
V = Molekül
W = Makromolekül





kann ich auch mal alphabetisch anstatt gruppiert darstellen und eine Tabelle machen, leichteste Übung. Rund um das Nukleotid ist nur noch Baustelle bei mir, denn das dürfte hier wichtig sein und bleiben. Und überhaupt... Hätte ja noch die letztgenannte Reserve.

Gruß,
Dgoe
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